پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII) در سال ۱۳۶۲ به عنوان بخشی از مؤسسه اصلاح نهال و بذر کرج تأسیس شد و در سال ۱۳۷۸ به صورت مستقل درآمد.
با توجه به دستاوردهای پژوهشکدهٔ بیوتکنولوژی در حوزهٔ کشت بافت، زیستشناسی سامانهها، نانو تکنولوژی، فیزیولوژی مولکولی، مهندسی ژنتیک و محصولات تراریخته، این پژوهشکده براساس مصوبهٔ شورای گسترش آموزش عالی به پژوهشگاه ارتقا یافت. پژوهشکدهٔ بیوتکنولوژی کشاورزی ایران نخستین واحد پژوهشی در وزارت جهاد کشاورزی بودهاست که موفق به اخذ مجوز پژوهشگاه از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری شد.